Cross acaba encontrando a origem dos problemas: invasores alienígenas que o infectam com um mutagênico que (apesar da roupa) acaba transformando o herói em algo não exatamente humano. Descobrir o segredo dessa área fechada pelos militares pode ser a única esperança do cientista… e da Terra.

A campanha do game se desenrola ao longo de oito gigantescas fases, envolvendo planos secretos do governo com muito combate, exploração, aventura e quebra-cabeças. Mas chegar às origens dessa misteriosa conspiração é apenas o começo: os inimigos principais do jogador serão aliens desenhados por Stan Wilson, responsável por criaturas de filmes como “Parque dos Dinossauros”, “Predador”, “Exterminador do Futuro 3″, “A.I.” e “Edward Mãos-de-Tesoura”